Thông tư 99/2025/TT-BTC (ban hành ngày 27/10/2025, có hiệu lực từ 01/01/2026 thay thế Thông tư 200/2014) đánh dấu một bước chuyển mình quan trọng từ việc hạch toán thuần túy để báo cáo sang phục vụ quản trị và kiểm soát nội bộ.

Dưới đây là những ảnh hưởng cụ thể của Thông tư 99 đến công tác kế toán quản trị trong doanh nghiệp:

1. Tăng quyền tự chủ trong thiết kế hệ thống thông tin quản trị

Nếu như trước đây hệ thống tài khoản và chứng từ thường bị bó hẹp trong khung mẫu cứng nhắc, thì Thông tư 99 trao quyền chủ động rất lớn cho doanh nghiệp:

• Tự chủ về Hệ thống tài khoản: Doanh nghiệp được phép tự mở thêm, sửa đổi tên, số hiệu, kết cấu của các tài khoản chi tiết (cấp 2, cấp 3...) để phù hợp với yêu cầu quản trị nội bộ mà không cần xin phép Bộ Tài chính. Điều này giúp kế toán thiết lập mã tài khoản bám sát vào các trung tâm chi phí (cost center) hoặc các mảng kinh doanh cụ thể.

• Tự thiết kế chứng từ và sổ sách: Doanh nghiệp có quyền thiết kế mẫu chứng từ, sổ kế toán riêng để thu thập dữ liệu quản trị cần thiết (như các báo cáo chi tiết về năng suất, lãng phí, hiệu quả dự án...) miễn là đảm bảo tính minh bạch và có quy chế hạch toán nội bộ.

2. Bắt buộc xây dựng Quy chế Quản trị và Kiểm soát nội bộ

Đây là điểm mới nổi bật nhất. Thông tư 99 quy định doanh nghiệp có trách nhiệm tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ.

• Phân định trách nhiệm: Phải quy định rõ quyền hạn và nghĩa vụ của từng bộ phận, cá nhân liên quan đến việc tạo lập và kiểm soát giao dịch.

• Hỗ trợ ra quyết định: Kế toán quản trị giờ đây có cơ sở pháp lý mạnh mẽ hơn để yêu cầu các bộ phận sản xuất, kinh doanh cung cấp dữ liệu chính xác và kịp thời, phục vụ cho việc kiểm soát rủi ro và quản trị tài chính.

3. Cấu trúc lại bộ máy kế toán theo hướng hiện đại

Thông tư cho phép linh hoạt trong việc tổ chức bộ máy kế toán tại các đơn vị trực thuộc:

• Doanh nghiệp được quyền quyết định việc đơn vị phụ thuộc có lập báo cáo tài chính riêng hay không và cách thức hạch toán nội bộ (ghi nhận vốn cấp là nợ hay vốn chủ sở hữu).

• Sự linh hoạt này cho phép kế toán quản trị thiết kế mô hình hạch toán tập trung hoặc phân tán tối ưu nhất để theo dõi hiệu quả hoạt động của từng chi nhánh/cửa hàng.

4. Tiệm cận các chuẩn mực quốc tế (IFRS)

Thông tư 99 hướng tới việc phản ánh đúng bản chất kinh tế của giao dịch thay vì chỉ phục vụ mục đích thuế:

• Hệ thống tài khoản mới: Bổ sung các tài khoản như 215 (Tài sản sinh học), điều chỉnh cách hạch toán ngoại tệ, tỷ giá... giúp dữ liệu kế toán phản ánh thực tế giá trị nguồn lực doanh nghiệp đang nắm giữ.

• Báo cáo tài chính là "bản kể chuyện": Thuyết minh báo cáo tài chính được yêu cầu chi tiết hơn, buộc kế toán quản trị phải có năng lực phân tích dữ liệu chuyên sâu để giải trình các biến động tài chính, thay vì chỉ trình bày các con số khô khan.

5. Thúc đẩy chuyển đổi số và tự động hóa

Thông tư nhấn mạnh việc áp dụng công nghệ trong công tác kế toán. Với việc tự chủ về biểu mẫu và tài khoản, doanh nghiệp sẽ cần nâng cấp phần mềm kế toán/ERP để:

• Tự động hóa việc phân bổ chi phí và lập báo cáo quản trị.

• Đảm bảo tính bảo mật và khả năng truy xuất dữ liệu theo yêu cầu mới của cơ quan chức năng.

Tóm lại: Thông tư 99/2025/TT-BTC không chỉ đơn thuần thay đổi cách hạch toán mà còn nâng tầm vai trò của kế toán quản trị. Kế toán không còn chỉ là người ghi chép quá khứ mà trở thành bộ phận trực tiếp tham gia vào việc xây dựng quy chế, kiểm soát rủi ro và cung cấp thông tin chiến lược cho lãnh đạo doanh nghiệp.